Xã Long Phụng là một trong những vùng đất được khai phá sớm ở Cần Giuộc. Từ thứ kỷ thứ XVII đã có những lưu dân từ miền Bắc, miền Trung di cư vào phá rừng làm ruộng. Ban đầu, những nhóm nông dân này sống rộng rãi khắp nơi chứ chưa được tổ chức các đơn vị hành chính, đa số đều có góc gác từ Quảng Bình vào tới Bình Định theo ghe bầu vượt biển vào Nam đến định cư tại xã Long Phụng đông nhất vào khoảng cuối thế kỷ XVII, đầu thế kỷ XVIII. Trải qua nhiều thăng trầm của lịch sử xã Long Phụng được hình thành và sau ngày 30/04/1975 Long Phụng trở thành một xã của huyện Cần Giuộc tỉnh Long An.