Năm 1802, Nguyễn Ánh đánh bại nhà Tây Sơn, lên ngôi Hoàng đế, lấy niên hiệu là Gia Long, cho đổi tên phủ Gia Định thành trấn Gia Định, đặt trấn quan để cai trị. Năm 1808, Gia Long lại đổi trấn Gia Định thành Gia Định thành có Tổng trấn đứng đầu, quản lý 5 trấn thuộc Nam Bộ và kiêm lãnh trấn Bình Thuận ở phía Bắc. Theo đó, huyện Tân Bình được nâng lên thành phủ, tổng Phước Lộc cũng được nâng thành huyện. Lúc bấy giờ, tại  địa bàn xã Long Phụng ngày nay có hai 2 thôn được chính thức ghi vào sổ bộ là Long Phụng thôn và Tây Phú thôn thuộc tổng  Phước Điền, huyện Phước Lộc.

Năm 1832, vua Minh Mạng bãi bỏ chức Tổng trấn Gia Định thành, chia Nam Kỳ làm 6 tỉnh. Trong năm này, phủ Tân An được thành lập gồm 2 huyện Thuận An và Phước Lộc, trực thuộc tỉnh Phiên An. Lúc bấy giờ Long Phụng thôn và Tây Phú thôn thuộc tổng Phước Điền Trung, huyện Phước Lộc, phủ Tân An. Năm 1836, nhà Nguyễn tiến hành đo đạc ruộng đất, lập sổ địa bạ của 6 tỉnh Nam Kỳ. Trong địa bạ này có ghi rõ địa giới và diện tích đất đai của Long Phụng thôn và Tây Phú thôn. Một thời gian sau, một thôn mới được thành lập trên địa phận xã Long Phụng ngày nay, đó là thôn Phú Thạnh.

Năm 1867, thực dân Pháp chia tỉnh Gia Định thành 7 hạt (tham biện) là: Sài Gòn, Chợ Lớn, Phước Lộc, Tân Hòa, Tân An, Tây Ninh, Quang Hóa. Năm 1870, hạt Phước Lộc được đổi tên là hạt Cần Giuộc, gồm 6 tổng là Phước Điền Thượng, Phước Điền Trung, Phước Điền Hạ, Lộc Thành Thượng, Lộc Thành Trung, Lộc Thành Hạ. Lúc bấy giờ, Long Phụng, Tây Phú và Phú Thạnh là 3 trong số 30 làng của tổng Phước Điền Hạ, hạt Cần Giuộc.

Năm 1892, trong chương trình tinh giản bộ máy hành chính cấp tổng, làng, thực dân Pháp đã nhập làng Phú Thạnh và làng Tây Phú vào làng Long Phụng, lấy tên chung là Long Phụng. Từ đó, địa giới Long Phụng được giữ nguyên cho đến ngày nay.

Ngày 20/12/1899, toàn quyền Đông Dương ra nghị định đổi các tiểu khu hành chính thành các tỉnh, có hiệu lực kể từ ngày 1.1.1900. Lúc bấy giờ, làng Long Phụng là 1 trong 8 làng thuộc  tổng Phước Điền Hạ, quận Cần Giuộc, tỉnh Chợ Lớn.

Sau Cách mạng Tháng Tám, vào năm 1948, chính quyền cách mạng đổi tên quận (sở đại lý) thành huyện, các làng cũng được gọi là xã. Từ đó, làng Long Phụng được gọi là xã Long Phụng.

Năm 1955, nguỵ quyền Ngô Đình Diệm lập tỉnh Long An trên cơ sở sát nhập 2 tỉnh Tân An và Chợ Lớn thời Pháp, gồm 7 quận – trong đó xã Long Phụng thuộc quận Cần Giuộc. Từ giai đoạn này đến năm 1975, Long Phụng là 1 trong  17 xã thuộc quận Cần Giuộc.

Sau ngày 30-4-1975, Long Phụng trở thành một xã thuộc huyện Cần Giuộc, tỉnh Long An.

(Nguồn Lịch sử đấu tranh cách mạng, xây dựng quê hương của Đảng bộ và nhân dân xã Long Phụng xuất bản năm 2015)